Мать-одиночка Рене Морган и ее двенадцатилетний сын живут в загородном доме, не подозревая о том, что за ними долгое время ведется наблюдение. Некоторое время спустя злоумышленники организуют похищение молодой женщины, они взрывают колесо ее автомобиля, пока та едет на аэродром. Далее они помещают женщину в секретную лабораторию, где очень настойчиво начинают интересоваться историями ее болезней, в частности, острой боязнью пауков. После длительных сцен общения и запугивания, они наконец-то рассказывают Рене, что у нее есть некая генетическая аномалия, изучив которую, возможно им получится выявить ее истинную природу. Как считают похитители, арахнофобия может являться ключом к высвобождению ее истинной сущности. При этом они уверены, что внутри Рене скрывается нечто, имеющее мало общего с человеком. Вся эта ситуация с поиском внеземной цивилизации в ее теле ей совсем не нравится и в определенный момент, воспользовавшись случаем, Рене пытается от них сбежать.

В научно-фантастическом триллере «Трансформация» режиссер Стивен Шейнберг поднимает философские и экзистенциальные вопросы, побуждая зрителя размышлять о посыле фильма ещё долгое время после просмотра.